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蛋白质与蛋白质组学实验指南
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蛋白质与蛋白质组学实验指南
编    号： 119831
著 作 者： ［澳］ 理查德 J辛普森（Richard JSimpson）主编
出 版 社： 化学工业出版社
书    号： 9787502589233
出版日期： 2006-10-1
市 场 价： ￥149 元
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蛋白质与蛋白质组学实验指南   蛋白质与蛋白质组学实验指南
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内容简介
第1章蛋白质组学导论1

11蛋白质组学定义3

12为何除基因组学外还要有蛋白质组学？5

13蛋白质的鉴定和分析10

14差异显示蛋白质组学（比较蛋白质组学）17

15翻译后修饰19

16蛋白质微阵列23

17捕获分子和靶分子24

参考文献26

网络资源33第2章单向聚丙烯酰胺凝胶电泳35

21聚丙烯酰胺凝胶电泳的基本原理38

22SDS用于变性的聚丙烯酰胺凝胶42

23乙酸尿素 PAGE根据蛋白质的大小和电荷分离蛋白质45

24三羟甲基甘氨酸 SDSPAGE分离小分子多肽45

25非变性PAGE（自然凝胶电泳）分离天然蛋白和蛋白复合体45

实验方案

方案1蛋白质的SDSPAGE47

替代方案：用BioRad 385 Gradient Former灌制线性梯度凝胶52

方案2～7的导言：蛋白质显色步骤56

方案2传统的考马斯亮蓝染色58

方案3快速考马斯亮蓝染色60

方案4InstaStain Blue 凝胶纸染色62

方案5SYPRO Ruby 荧光染色64

方案6SYPRO Orange荧光染色66

方案7与质谱兼容的银染68

方案8表观分子量的判定70

方案9CTABPAGE72

方案10酸尿素连续PAGE74

方案11肽类的电泳（TricineSDSPAGE）76

方案12蛋白质的非变性PAGE78

参考文献80

网络资源82第3章细胞和亚细胞提取物的制备83

31通过机械或化学方法破碎组织及细胞85

32通过变性和复性从包含体中回收重组蛋白88

33富含目的蛋白的亚细胞提取物的制备90

实验方案

方案1哺乳动物组织的匀浆93

附加方案：从组织匀浆液中去除黏蛋白97

方案2用于免疫沉淀的培养细胞的裂解98

方案3用于免疫印迹的动物培养细胞、酵母和细菌的裂解100

方案4氮舱减压法裂解培养细胞102

方案5细菌中重组蛋白的小量提取106

方案6细菌中重组蛋白的大量提取108

方案7从包含体中溶解大肠杆菌重组蛋白110

方案8酵母提取物的制备112

方案9真核细胞结构组分的差异去垢剂分离法114

附加方案：去垢剂提取物中RNA的分离123

附加方案：用镁沉淀微管蛋白和微管结合蛋白124

参考文献126

选读文献130

网络资源130第4章固相化pH梯度双向凝胶电泳131

41双向凝胶电泳样品的制备134

42第一向:固相pH梯度等电聚焦电泳138

43第二向:根据分子量分离蛋白质139

44双向凝胶的染色141

45双向凝胶中蛋白质的转移144

46双向凝胶图像的获取和分析145

实验方案

方案1双向凝胶电泳鼠肝蛋白质提取物的制备149

方案2双向凝胶电泳真核生物细胞裂解物的制备151

附加方案：用放射性同位素标记真核生物细胞蛋白质152

方案3双向凝胶电泳大肠杆菌裂解液的制备154

方案4双向凝胶电泳脑脊液蛋白样品的制备156

方案5第一向：蛋白质的等电聚焦电泳158

方案6垂直SDS平板凝胶的制备：均一凝胶的灌制162

方案7垂直SDS平板凝胶制备：同时灌制多梯度凝胶165

方案8IPG胶条的平衡169

方案9第二向：蛋白质的SDSPAGE171

方案10胶体考马斯亮蓝染色174

方案11银氨染色176

方案12与质谱兼容的银染法180

方案13用SYPRO Ruby进行荧光染色183

方案14用GelCode磷蛋白染色试剂盒对磷蛋白进行染色185

方案15双向凝胶的槽式转移187

方案16双向凝胶的半干印迹190

方案17～20的导言：膜上蛋白质的染色192

方案17用丽春红S染色膜上的蛋白质193

方案18用考马斯亮蓝R250染色膜上的蛋白质194

方案19用印度墨水染色膜上的蛋白质195

方案20用胶体金染色膜上的蛋白质196

网络上有关双向电泳的信息资源197

参考文献200第5章反相高效液相色谱203

51RPHPLC基于疏水相互作用分离分子204

52RPHPLC标准色谱条件205

53微柱反相色谱——适合蛋白质组学的研究方法213

实验方案

方案1蛋白质RPHPLC的标准色谱条件219

方案2填充RPHPLC毛细管微柱224

方案3不易分离的大分子量多肽的纯化231

方案4用RPHPLC对固相合成的多肽进行纯化238

方案5用RPHPLC技术对多肽和蛋白质混合物进行脱盐244

方案6计算机辅助方法优化梯度条件的RPHPLC蛋白质分离248

参考文献258

选读文献263

网络资源263第6章蛋白质氨基端及羧基端序列分析265

61Edman降解法对多肽进行氨基端测序267

62限制序列分析速度的几个环节275

63应用HPLC和PAGE制备微量测序样品279

64不能进行测序的蛋白质需去封闭282

65磷酸化位点的微量测序分析有助于绘制信号途径283

66固相测序仪是回收磷酸化氨基酸的最好方法283

67其他氨基端反应法284

68羧基端测序方法存在的问题284

69自动化羧基端测序285

610高灵敏度高效率的羧基端分析285

611氨基端和羧基端序列组合分析289

实验方案

方案1两相柱测序仪的样品上样291

方案2将蛋白质从凝胶电转移至PVDF膜293

方案3检测PVDF膜上的蛋白质297

方案4浓缩聚丙烯酰胺凝胶上的蛋白质点299

方案5磷酸化多肽的固相微量测序302

方案6羧基端序列分析304

单位换算指南307

参考文献309

选读文献312

网络资源313第7章电泳分离的蛋白质肽谱和序列分析315

71制备肽谱的微量方法和大规模方法318

72消除蛋白质分子内部的共价交联以提高肽谱质量319

73酶法和化学法裂解多肽链323

74基于SDSPAGE的肽谱制备方法（Cleveland法）333

75肽谱用于确定蛋白质中的二硫键334

76应用RPHPLC制备肽谱335

实验方案

方案1蛋白质的过甲酸氧化339

方案2蛋白质还原和S羧甲基化：大规模方法341

方案3蛋白质还原和S羧甲基化：微量方法344

方案4用Ellman试剂测定自由巯基和二硫键347

方案5蛋白质的胰酶消化349

附加方案：用琥珀酸酐修饰赖氨酰侧链351

附加方案：用柠檬酸酐修饰赖氨酰侧链352

方案6用溴化氰切割MetX键353

方案7用羟胺切割AsnGly键355

方案8邻亚碘酰苯甲酸在色氨酸处切割357

方案9胶内蛋白质的考马斯亮蓝染色359

方案10胶内蛋白质的锌/咪唑负染色361

方案11胶内蛋白质的硝酸银染色363

方案12胶内蛋白质的S吡啶乙基化365

方案13胶内蛋白质的酶解和肽段提取367

方案14电印迹膜上的蛋白质消化369

方案15标准条件下肽段的反相HPLC372

方案16SDSPAGE肽谱作图方法（Cleveland法）378

方案17原位SDSPAGE肽谱作图方法（Cleveland法）380

蛋白酶和肽酶命名法383

参考文献384

选读文献390

网络资源390第8章质谱在蛋白质组学中的应用391

81基本原理393

82现代离子化方法：离子如何形成400

83串联质谱仪405

84串联质谱仪的质量分析器结构407

85质谱与蛋白质分离方法联用进行蛋白质混合物的分离和分析412

86体内及体外标记方法：质谱用于定量和表达蛋白质组学426

87利用MS数据鉴定蛋白质的搜索引擎427

88总结436

实验方案

方案1蛋白质和多肽MALDIMS分析的一般方法437

方案2反相微型层析柱的制备441

方案3固定化酶微型层析柱的制备444

方案4用于蛋白质组分析的微毛细管HPLC色谱及ESI一体化装置的制备和使用446

方案5利用NanoLC耦联MS/MS分析复杂蛋白质混合物455

方案6利用多维蛋白质鉴定技术分析复杂蛋白质混合物466

附加方案：用于MuDPIT分析的不溶性蛋白样品的消化470

方案7二维色谱和质谱结合分离多肽混合物：离线方法472

方案8通过肽的半胱氨酰化捕获蛋白质477

方案9蛋白质的同位素亲和标签480

方案10定量蛋白质组学的体内蛋白质同位素标记488

方案11利用脱水胰酶亲和捕获蛋白质494

方案12应用分子扫描器进行蛋白质组分析498

方案13利用化学印刷法进行肽质量指纹图谱分析508

利用MS/MS进行“自上而下”的蛋白质序列分析517

气相质子化肽段的裂解机理525

参考文献532

网络资源542第9章用蛋白质组学方法绘制磷酸化位点图谱543

91完整磷酸化蛋白的检测和分析547

92通过蛋白质的裂解获得磷酸化蛋白多肽549

93用MS或MS/MS来确定磷酸化蛋白的特性549

94用MS/MS对磷酸化多肽进行测序563

95对磷酸化蛋白特征进行分析的多维策略563

96用于磷酸化多肽序列分析的MS和MS/MS技术的出现564

97总结565

实验方案

方案1用带有Fe(Ⅲ)和Ga(Ⅲ)的IMAC纯化磷酸化多肽566

附加方案：用于样品去盐的微柱和Nanoscale IMAC的制备和使用569

方案2在MALDI分析之前或之后对磷酸化多肽进行碱性磷酸酶处理570

方案3结合固定化金属离子亲和介质和MALDITOFMS直接分析方法对磷酸化多肽进行

特征分析573

方案4离线microIMAC富集磷酸化蛋白579

方案5用μLCESIMS/MS对磷酸化多肽进行分析582

方案6MALDIMS确定酪氨酸磷酸化位点584

方案7用ESIMS确定丝氨酸、苏氨酸的磷酸化位点590

附加方案：用放射性磷酸盐确定自发磷酸化位点594

方案8用ESIMS确定组氨酸磷酸化位点596

参考文献599

网络资源605第10章蛋白质复合体性质的研究607

101mRNA的选择性剪接对蛋白质产物活性的特定影响609

102用相互作用组描述生理复合体609

103利用酵母双杂交分析与蛋白质组学方法研究蛋白质间相互作用611

104用亲和捕获技术分析蛋白质相互作用612

105了解多蛋白质复合体的结构618

106FRET分析体内蛋白质相互作用623

107通过测定结合常数来分析蛋白质间相互作用626

108蛋白质微阵列促进大规模的蛋白质研究627

实验方案

方案1用FLAG抗原表位标记蛋白质进行蛋白质免疫共沉淀634

方案2细胞裂解液中相互作用蛋白的亲和纯化640

方案3多蛋白质复合体的非变性琼脂糖凝胶电泳645

方案4BNPAGE蛋白质分析法649

方案5采用交联法和质谱法对蛋白质复合体进行拓扑学分析657

方案6亚秒级光交联：用水溶性金属复合体监控蛋白质蛋白质相互作用665

方案7位点特异性蛋白质DNA光交联法：分析蛋白质DNA和多蛋白质DNA复合体的结构

组成671

方案8用FRET法分析体内蛋白质的相互作用685

方案9用GFP嵌合体监控蛋白质蛋白质相互作用694

方案10蛋白质阵列：显微镜玻片的制备699

方案11蛋白质阵列：标记蛋白并通过阵列检测来研究蛋白质蛋白质相互作用702

附加方案：如何防止产生拖尾705

方案12蛋白质阵列：标记复合体并通过阵列检测来研究蛋白质小分子相互作用706

方案13蛋白质阵列：阵列的探针标记方法及激酶底物相互作用的放射性印迹检测709

方案14蛋白质阵列：用“三明治法”研究复合体溶液711

参考文献714

网络资源721第11章蛋白质组学实验结果的诠释：利用生物信息学发现蛋白质的结构、功能

及其相互作用723

111基因及其同源体的识别725

方案1利用GappedBLAST对一条长肽段进行简单序列查找727

方案2用双向最佳匹配法快速识别直源体734

112预测蛋白质的结构和功能736

113蛋白质在通路中的定位和蛋白质细胞功能的识别743

方案3用基因融合假说寻找功能相关联的蛋白质——基于结构域的搜索746

方案4操纵子的快速识别748

方案5通过系统发育谱的比较发现功能相关联的蛋白质750

方案6从DNA微阵列数据中发现功能相关联的蛋白质755

参考文献759

网络资源762附录1参考图表765

附录2技术773

附录3注意事项822

附录4供应商836

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其他说明
开本：16
版次：1版1次
页数：864页
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西安
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